В 1993 году повторное возвращение общенационального лидера Г.Алиева к руководству страны по требованию народа послужило причиной положительным изменениям в организации и управлении научно-исследовательскими работами, в том числе и в деятельности Института, как и во всех областях.
Так, в 1994 году на базе Института был создан Центр Экономических Реформ с целью обеспечения гибкости, последовательности и системности в подготовке научных основ экономических реформ, проводимых в стране.
С этого периода деятельность Центра направлена на определении стратегии и тактики проводимых реформ в условии перехода к рыночным отношениям.
Внимание и забота, показанные уважаемым Президентом господином Ильхамом Алиевым к развитию науки в Азербайджане, успешно продолжающим политический курс Великого Лидера Г.Алиева, не обошли стороной и Научный Исследовательский Институт Экономических Реформ.
В 2006 году, упразднив Азербайджанский Научно-Исследовательский Институт Научно-Технической Информации и Технических Исследований и Центр Экономических Реформ, вместо них был создан новый Научный Исследовательский Институт Экономических Реформ Министерства Экономического Развития.
С этой даты Институт добился ряда важных научных достижений, направив свою деятельность на разработку научных основ в направлении обеспечения устойчивости уже достигнутого динамичного социально-экономического развития. Среди достигнутых успехов особое значение имеет новая созданная Модель Общего Равновесия Азербайджанской Республики (AzMod).
Короче говоря, эта именуемая модель AzMod играет исключительную роль в эффективном управлении экономикой, конкретно в процессе сценарного планирования и анализа, оценки воздействия, прогнозирования и анализа политики.
Углубляя исследования, проводимые в этом направлении, Институт наряду с AzMod построил полностью большинство мультипликативных моделей Матрицы Социальных Счетов (МСС) для нашей страны, все модификации моделей межотраслевого баланса, а также динамические и региональные модели, и составил матрицу социальных счетов предприятий. Наряду с объединением в себе 19 сфер деятельности и 5 экономических агентов, матрица, сведя воедино 47 различных балансов в 7 блоков, дает возможность представить практически все экономические показатели нашей страны в одной таблице.
Кроме того, за период деятельности Институт провел ряд методологий, проектов концепций и Государственных Программ, бизнес-проектных предложений и научных работ в различных направлениях.
В Научном Исследовательском Институте Экономических Реформ издаются «Показатели социально-экономического развития Азербайджанской Республики», «Социально-экономические паспорта экономических районов» и другие периодические сборники Научных Трудов, отражающие картину социально-экономического развития страны, подготавливает различные публикации по отдельным направлениям экономики и развитию предпринимательства.
Институт постоянно сотрудничает со многими научными и образовательными центрами нашей республики, одновременно с научными центрами более 20 зарубежных стран, десятками международных организаций и финансовых институтов.
Одним из важных достижений, достигнутых в рамках сотрудничества, является создание в Баку Исследовательского Центра Организации Экономического Сотрудничества. Инициативу создания Исследовательского Центра впервые выдвинул Великий лидер Гейдар Алиев на Саммите Организации экономического сотрудничества 14 октября 2002 года, и, начиная с этой даты, были выполнены соответствующие дела в направлении создания Центра.
На саммите организации, состоявшемся в Баку 5 мая 2006 года, по инициативе Президента Азербайджанской Республики господина Ильхама Алиева был включен пункт по созданию Центра в Бакинскую Декларацию, и в качестве успешного результата проделанной работы в конце 2013 года в Баку был создан Исследовательский Центр Организации Экономического Сотрудничества.
Для достижения этой цели Институт наряду с тем, что был одним из основных инициаторов учреждения Постоянной Рабочей Группы по Экономическим Исследованиям, Редакционного Состава Журнала «Экономика» и Форума Мозговых центров Организации, был принимающей стороной в проведении в этом направлении мероприятий.
Среди конференций, организованных Институтом, следует особо отметить I Бакинскую Форум-Конференцию. А II Бакинская Форум-Конференция из этой серии прошла в рамках 50-летнего юбилея Института.
За полвека функционирования Институт добился неоспоримых успехов и в подготовке высококвалифицированных кадров.