1993-cü ildə ümummilli lider H.Əliyevin xalqın tələbi ilə ölkə rəhbərliyinə yenidən qayıdışı bütün sahələrdə olduğu kimi elmi-tədqiqat işlərinin təşkili və idarə olunmasında, o cümlədən, İnstitutun fəaliyyətində də müsbət dəyişikliklərə səbəb oldu. Belə ki, 1994-cü ildə ölkədə həyata keçirilən iqtisadi islahatların elmi əsaslarının hazırlanmasında çevikliyin, ardıcıllığın və sistemliliyin təmin olunması məqsədi ilə İnstitutun bazasında İqtisadi İslahatlar Mərkəzi yaradıldı. Bu dövrdən etibarən Mərkəzin fəaliyyəti bazar münasibətlərinə keçid şəraitində aparılan islahatların strategiya və taktikasının müəyyənləşdirilməsinə yönəldi.
Ulu Öndər H.Əliyevin siyasi kursunu uğurla davam etdirən möhtərəm Prezident cənab İlham Əliyevin Azərbaycanda elmin inkişafına göstərdiyi diqqət və qayğı İqtisadi İslahatlar Elmi Tədqiqat İnstitutundan da yan keçmədi.
2006-cı ildə Azərbaycan Elmi-Tədqiqat Elmi-Texniki İnformasiya və Texniki Tədqiqatlar İnstitutu və İqtisadi İslahatlar Mərkəzi ləğv edilərək əvəzində yeni İqtisadi İnkişaf Nazirliyinin İqtisadi İslahatlar Elmi Tədqiqat İnstitutu yaradıldı.
Bu tarixdən etibarən İnstitut öz fəaliyyətini əsasən artıq əldə olunmuş dinamik sosial-iqtisadi inkişafın davamlılığının təmin olunması istiqamətində elmi əsasların işlənilməsinə yönəldərək bir sıra mühüm elmi nailiyyətlərə imza atdı. Əldə olunmuş uğurlar sırasında yeni yaradılmış Azərbaycan Respublikasının Ümumi Tarazlıq Modeli (AzMod) xüsusi əhəmiyyət kəsb edir.
Qısaca olaraq, AzMod adlanan bu model iqtisadiyyatın səmərəli idarə edilməsində, konkret olaraq ssenari planlaşdırması və təhlilləri, təsirin qiymətləndirməsi, proqnozlaşdırma və siyasət təhlili prosesində müstəsna rol oynayır.
Bu istiqamətdə aparılan tədqiqatları dərinləşdirərək İnstitut AzMod ilə yanaşı, ölkəmiz üçün Sosial Hesablar Matrisinin (SAM) multiplikativ modellərinin tam əksəriyyətini, sahələrarası balans modellərinin bütün modifikasiyalarını, o cümlədən dinamik və regional modelləri qurmuş, müəssisələrin sosial hesablar matrisini tərtib etmişdir. Matris 19 fəaliyyət sahəsini və 5 iqtisadi agenti özündə birləşdirməklə yanaşı, 47 müxtəlif balansı 7 blokda bir araya gətirərək ölkəmizin demək olar ki, bütün iqtisadi göstəricilərini bir cədvəldə təqdim etmək imkanı verir.
Bundan başqa, fəaliyyəti dövründə İnstitut bir sıra metodologiyalar, konsepsiya və Dövlət Proqramı layihələri, biznes-layihə təklifləri və müxtəlif istiqamətlərdə tədqiqat işləri aparmışdır.
İqtisadi İslahatlar Elmi Tədqiqat İnstitutunda ölkənin sosial-iqtisadi inkişaf mənzərəsini əks etdirən “Azərbaycan Respublikasının sosial-iqtisadi inkişaf göstəriciləri”, “İqtisadi rayonların sosial-iqtisadi pasportları” və digər dövrü Elmi Əsərlər toplusunu dərc edir, iqtisadiyyatın ayrı–ayrı sahələri və sahibkarlığın inkişafı üzrə müxtəlif nəşrlər hazırlayır.
İnstitut respublikamızın bir çox elm və təhsil mərkəzləri, eyni zamanda 20-dən artıq xarici ölkənin elm mərkəzi, onlarla beynəlxalq təşkilat və maliyyə qurumları ilə daima əməkdaşlıq edir.
Əməkdaşlıq çərçivəsində əldə edilən önəmli nailiyyətlərdən biri də Bakıda İqtisadi Əməkdaşlıq Təşkilatının Tədqiqat Mərkəzinin yaradılmasıdır. Tədqiqat Mərkəzinin yaradılması təşəbbüsünü ilk dəfə Ulu Öndər Heydər Əliyev İqtisadi Əməkdaşlıq Təşkilatının 14 oktyabr 2002-ci il Zirvə toplantısında irəli sürmüş və bu tarixdən başlayaraq Mərkəzin yaradılması istiqamətində müvafiq işlər görülmüşdür. Təşkilatın 5 may 2006-cı ildə Bakıda keçirilən Zirvə görüşündə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti cənab İlham Əliyevin təşəbbüsü ilə Mərkəzin yaradılması üzrə bənd Bakı deklarasiyasına salınmış və görülən işlərin uğurlu nəticəsi olaraq 2013-cü ilin sonunda Bakıda İqtisadi Əməkdaşlıq Təşkilatının Tədqiqat Mərkəzi yaradılmışdır.
Bu hədəfə nail olmaq üçün İnstitut Təşkilatın İqtisadi Tədqiqatlar üzrə Daimi İşçi Qrupunun, “İqtisadiyyat” Jurnalının Redaksiya Heyətinin və Beyin mərkəzləri Forumunun təsis olunmasının əsas təşəbbüskarlarından olmaqla yanaşı, bu istiqamətdə tədbirlərin keçirilməsinə ev sahibliyi etmişdir.
İnstitutun təşkilatçılığı ilə keçirilmiş konfranslar sırasında I Bakı Forum-Konfransını xüsusilə qeyd etmək lazımdır. Bu silsilədən olan II Bakı Forum-Konfransı isə İnstitutun 50 illik yubileyi çərçivəsində keçirilmişdir.
Fəaliyyət göstərdiyi yarım əsr ərzində İnstitut yüksək ixtisaslı kadrların hazırlanmasında da danılmaz uğurlar əldə etmişdir.